Hace miles de años, Shinnok era un Dios Anciano. Estos dioses son los auténticos soberanos de todos los reinos. Contemplan como se crean y destruyen los mundos y los gobiernan con infinita sabiduría.
Sin embargo, Shinnok cayó en la codicia y en las ilusiones de falso poder sobre el nuevo Reino de la Tierra. Este reino le daría a Shinnok un poder inigualable, pero para ello tendría que enfrentarse a Raiden, el joven Dios del Trueno y protector de la Tierra.
Gracias al amuleto de los elementos, Shinnok pudo entrar en la Tierra y comenzó una batalla, en la que una civilización entera desapareció. Con la esperanza de librar a todos los reinos de la amenaza de Shinnok, Raiden inició una guerra que condujo a la Tierra a una época de oscuridad, pero finalmente Raiden pudo desterrar a Shinnok al Netherealm.
Ahora, mucho tiempo después y tras la derrota de Shao Kahn a manos de lo guerreros de la Tierra, Shinnok, con la ayuda de su hechicero Quan Chi, escapa de sus confines y entra en Edenia. Desde allí comienza una guerra contra los Dioses Ancianos.
Raiden debe actuar con rapidez si quiere evitar una guerra como la que se produjo hace miles de años.
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